ભગવાન સ્વામિનારાયણ સિદ્ધપુર ત્રણ વાર પધાર્યા – સંપ્રદાયની ત્યારે શરૂઆત હતી.
સ્વામિનારાયણ ધર્મ ગુજરાતમાં સ્થપાયો અને પ્રસરવા માંડ્યો તેની શરૂઆતમાં જ ભગવાન સ્વામિનારાયણ શ્રીસ્થળ પધાર્યા હતા અને સિદ્ધક્ષેત્રના મહાત્મ્યનું વિવરણ કર્યું હતું. બિંદુ સરોવરને કિનારે જેમ વલ્લભાચાર્યજીએ ભાગવત પારાયણ કર્યું હતું તે જ રીતે ભગવાન સ્વામિનારાયણે પણ ભાગવત કથાનું બિંદુ સરોવર તીરે પારાયણ કરેલું. છેક કર્દમ ઋષિથી શરૂ કરીને શ્રી વલ્લભાચાર્યજી તેમજ ભગવાન સ્વામિનારાયણ સમેત અનેક તપસ્વીઓએ સિદ્ધક્ષેત્રે અને તેમાં પણ બિંદુ સરોવરને કિનારે ભાગવતકથા કરીને બિંદુ સરોવરના મહાત્મ્યમાં વધારો કર્યો છે.
ભારતનાં પવિત્ર સરોવરોમાંનું એક બિંદુ સરોવર સિદ્ધપુરમાં આવેલું છે જ્યાં સ્વામિનારાયણ ભગવાને એક માસ સુધી રોકાઈને શ્રીમદ ભાગવત કથા કરેલ છે અને એક માસ સુધી નિત્ય તેમાં સ્નાન કરેલું. આ સરોવર કુંવારિકા સરસ્વતી નદીના કિનારા ઉપર આવેલું છે. સરસ્વતી નદીમાં સ્વામિનારાયણ ભગવાને પાંચસો પરમહંસો સાથે સ્નાન કર્યું હતું. તેના કિનારા ઉપર રહેલા ગણપતિને ભગવાને સ્વયં એક માસ સુધી સ્નાન કરાવેલું તેમજ સત્સંગી જીવનમાં સવિસ્તાર યાત્રાધામનો મહિમા અને યાત્રા કરવાની રીતભાત આ જ બિંદુ સરોવરના કિનારા ઉપર વર્ણવેલી. તેમણે ભૂદેવોને જમાડીને પુષ્કળ દાન-દક્ષિણા આપ્યા હતા તેમજ સાથે ભોજન બનાવવાના મોટા મોટા વાસણો પણ આપ્યા હતા. ગરીબ બ્રાહ્મણોને મેથાણથી મળેલ ઘોડાનું દાન પણ કરેલ છે. આ સરસ્વતીના કિનારા ઉપર હજારો મહર્ષિઓ અને ઋષિઓએ બેસીને અજોડ તપ કરેલું છે.
શ્રીસ્થળ સિદ્ધપુરમાં શ્રીહરિ ભગવાન સ્વામિનારાયણ ત્રણ વાર પધાર્યા હતા.
શ્રી સ્વામિનારાયણ ભગવાન ભક્તજનોના મનોરથ પૂર્ણ કરવા અને તેમના ગામ તથા ઘરને પાવન કરવા અર્થે સતત વિચરણ કરતાં રહેતા. વિ.સં. ૧૮૬૨ની સાલમાં શ્રીહરિ ભુજથી સંતો-પાર્ષદો, રાજાઓ સાથે ધનાળા, દેરીયાળી, માનસર, હળવદ, ધાંગધ્રા થઈ મેથાણ પધાર્યા. ત્યાં દસ રાત્રિ રહ્યા પછી તેમણે કહ્યું, ‘અમારે સિદ્ધપુર જઈ સમૈયો કરી યજ્ઞ કરવો છે. તમે સહુ ત્યાં દર્શન કરવા આવજો.’ દેશ-દેશાંતરના સાધુઓને કાગળ લખી મોકલાવ્યો કે અમે ફૂલડોલનો ઉત્સવ સિદ્ધપુરમાં ઉજવીશું, આપ સહુ ઊંઝા ગામે અમોને ભેગા થજો. સ્વામીનારાયણીય પરિભાષામાં પરિષદને સમૈયો કહે છે. સહજાનંદ સ્વામી પોતે વારંવાર ફરતા રહી પોતાના શિષ્યોના સંપર્કમાં નિરંતર આવ્યા કરતા. ઠરીને એક જગ્યાએ બેસી રહેવું એવો તો એમનો સ્વભાવ જ ન હતો. હોળીનો સમૈયો અમુક જગ્યાએ કરવો છે, રામનવમીનો સમૈયો અમુક સ્થાને, જન્માષ્ટમીનો અમુક સ્થળે એમ એમનો કાર્યક્રમ પહેલાંથી ગોઠવાઈ જતો. બીજે દિવસે શ્રીહરિ મેથાણથી ચાલ્યા અને ખેરવા, રામગ્રી, વિરમગામ, રામપુર, ભંકોડા, ઊંઝા, બિલિયા થઈ પ્રથમવાર સિદ્ધપુર પધાર્યા.
શ્રીહરિએ સિદ્ધપુર ખાતે સરસ્વતી નદીના પૂર્વ કિનારે એક ખેતરમાં આંબલી નીચે ઉતારો કર્યો. બીજા દિવસે તેઓ ઘોડા પર બેસી ભક્તો સાથે તે સ્થળથી ત્રણ ગાઉ દૂર પશ્ચિમ દિશામાં આવેલા વટેશ્વર મહાદેવ આવ્યા અને ત્યાં સ્નાન કરી પરત આવ્યા. ત્યારબાદ બિંદુ સરોવરના ઈશાન ખૂણે સંતો સાથે સ્નાન કર્યું અને બ્રાહ્મણોને બોલાવી સોનું, રૂપું, વસ્ત્ર, ઘરેણાં, ગાયો, ઘોડા દાનમાં આપ્યું. મહાવદી ૧૨ના દિવસે સરસ્વતી કિનારે માધુપાવડિયા ખાતે સ્નાન કર્યું. સુંદર યજ્ઞમંડપ રચાવ્યો અને વેદોક્ત વિધિથી યજ્ઞ કરાવ્યો અને બ્રાહ્મણોને ભોજન કરાવ્યું, સંઘને જમાડ્યો અને દક્ષિણા આપી. સભામાં શ્રીહરિએ સ્વમુખે સિદ્ધપુર તીર્થક્ષેત્રનો મહિમા કહ્યો. હોમ-હવન બાદ પુંજાભાઈ અને કાકાભાઈ પાસેથી મંગાવેલો કલકલિયો ઘોડો સામાન સહિત બ્રાહ્મણોને દાન આપી દીધો. શ્રીહરિના દર્શને જે કોઈ વિપ્રો આવ્યા તે સૌને રાજાઓ પાસેથી એકેક સોનમહોર, શેર ઘી તથા સાકર સાથે સીધું અપાવી પ્રસન્ન કર્યા. પાંચમે દિવસે શ્રીહરિએ સરસ્વતી તીરે બ્રાહ્મણોની ચોરાસી કરી. નાનામોટા દરેકને એક-એક શેર ઘી-ખાંડ અને એક-એક રૂપિયો દક્ષિણા આપ્યાં. મુખ્ય વિપ્રને વસ્ત્રાભૂષણ તથા સુવર્ણથી શણગારેલો ઘોડો આપ્યા.
આદરોજનો અન્નકૂટ કીધો રે, કર્જીસણે જને લાવો લીધો રે
સિદ્ધપુરનો સમૈયો સુંદર રે, કર્યો અલબેલે આનંદભર રે (પુરુષોત્તમ પ્રકાશ પ્રકાર ૧૩)
શ્રીહરિએ રુદ્રમહાલયની મુલાકાત પણ લીધી. સિદ્ધપુરવાસીઓએ તેઓની પોતાના ઘરે પધરામણી કરી. સિદ્ધપુર તે સમયે નવાબની હકૂમત હેઠળ હતું. તેમણે શ્રીહરિનું શાનદાર સવારીથી સ્વાગત કર્યું હતું અને રાજભવનમાં પધરાવી શાસ્ત્રોક્ત વિધિ પ્રમાણે પૂજા કરી સોનાનાં સિંહાસન પર બિરાજમાન કરી આરતી-સ્તુતિ કરી.
વિ.સં. ૧૮૬૨નાં વૈશાખ સુદમાં શ્રીહરિ મોટેરા, ઉવારસદ, આદરજ, ગેરીતા, વિસનગર, વડનગર થઈ સિદ્ધપુરમાં બીજીવાર પધાર્યા. બીજે દિવસે રુદ્રમહાલયની મુલાકાત લઈ હરિભક્તો સમક્ષ સિદ્ધપુરમાં મંદિર બનાવવાનો સંકલ્પ વ્યક્ત કર્યો હતો.
ત્રીજી વાર શ્રીહરિ ધોળકાથી અમદાવાદ પધાર્યા ત્યારે સિદ્ધપુરમાં તેમની વધામણી થઈ હતી. તે સમયે શહેરને સ્વચ્છ કરાવવામાં આવ્યું હતું. ગોરા સાહેબે પોતાની પલટન તથા અંગ્રેજી વાજાં સાથે શ્રીહરિનું સામૈયું કર્યું હતું. એરન સાહેબ તથા ડનલોપ સાહેબ સામા આવ્યા અને મહારાજનો સત્કાર કર્યો હતો.
વિ. સં. ૧૮૬૨માં મહારાજે સિદ્ધપુરમાં અંબારામજીને દીક્ષા આપી સદવૈષ્ણવાનંદજી નામ પાડ્યું. સદવૈષ્ણવાનંદ સ્વામીએ શ્રીહરિની આજ્ઞાથી ભુજનું મંદિર બંધાવ્યું હતું તથા બિંદુ સરોવર પાસે પ્રસાદીની જગ્યાએ એક ઘુમ્મ્ટ મંદિર બાંધવીને તેમાં ચિત્રપટની ઘનશ્યામ મહારાજની ઊભી મુર્તિની પ્રતિષ્ઠા કરાવી હતી.
સિદ્ધપુરના વૈષ્ણવ રણછોડભાઈ ગલાભાઈ નગરશેઠ હતા. તેમને પરોઢિયે સ્વપ્નમાં શ્રીહરિએ મૂર્તિસ્વરૂપે દર્શન આપ્યા અને કહ્યું કે શહેરમાં મારું મંદિર કરાવજો. રણછોડભાઈએ તે અંગે માર્ગદર્શન માગ્યું તો શ્રીહરિએ કહ્યું તમે કાલુપુર સ્વામિનારાયણ મંદિરના રંગમહોલમાં આવો, ત્યાં તમારી મારી મુલાકાત થશે. નગરશેઠ કાલુપુર મંદિર આવ્યા અને ત્યાં તેમને સ્વપ્નમાં જે મૂર્તિના દર્શન થયા હતા તે જ મૂર્તિ મંદિરમાં જોવા મળી. મૂર્તિના દર્શન કરી તેઓ રંગમહોલમાં અયોધ્યાપ્રસાદજીને મળ્યા અને સ્વપ્નની વાત કરી. અયોધ્યાપ્રસાદજીએ મહાનુભાવાનંદ સ્વામીને મંડળ સહિત રણછોડભાઈ સાથે સિદ્ધપુર મોકલ્યા. સિદ્ધપુરમાં રણછોડભાઈએ વારાહીના મહાડમાં પોતાનું મકાન મંદિર માટે આપી દીધું. મકાનને મંદિરમાં ફેરવવાનું કાર્ય પૂર્ણ થતાં વિ.સં. ૧૯૨૧ના જેઠ સુદી એકાદશીના રોજ આચાર્ય શ્રી અયોધ્યાપ્રસાદજી દ્વારા મંદિરમાં ધર્મ ભક્તિ, હરિકૃષ્ણ મહારાજ, રાધાકૃષ્ણ અને સુખશૈયા, હનુમાનજી, ગણપતિજી, શિવજી, પાર્વતીજી, નંદી વગેરેની પ્રતિષ્ઠા કરવામાં આવી.
પરંતુ સમય જતાં એ મંદિર અત્યંત સાંકડી જગામાં અને ખૂણામાં પડી જતું તેમજ અગવડભર્યું હોવાથી શતામૃત પાટોત્સવ વખતે દેવેન્દ્રપ્રસાદજી બાપાએ આ મંદિર ગામ બહાર ધોરી માર્ગ હાઇવે ઉપર લાવવાનો આદેશ આપ્યો હતો. પણ સમય વિપરીત હોવાથી એ કાર્ય શક્ય બન્યું નહીં. ત્યારબાદ એકસો પચીસમો પાટોત્સવ ઉજવવાનો હતો ત્યારે આચાર્ય તેજેન્દ્રપ્રસાદજી મહારાજે આ મંદિર બહાર લાવવાનો દ્રઢ સંકલ્પ કર્યો અને એ સંકલ્પને અનુસાર સંવત ૨૦૫૬માં મહારાજશ્રીએ મંદિર બનાવવાનો આદેશ આપ્યો અને સંવત ૨૦૫૭માં મંદિરનું ખાતમુહૂર્ત સ્વહસ્તે કર્યું.
ત્યારબાદ સંવત ૨૦૬૪ના કારતક સુદ ૧૪ના રોજ આદિ આચાર્યશ્રી અયોધ્યાપ્રસાદજી મહારાજે જૂના મંદિરમાં પ્રતિષ્ઠા કરેલ શ્રી ધર્મભક્તિ હરિકૃષ્ણ તેમજ રાધાકૃષ્ણદેવની મૂર્તિઓનું સ્થળાંતર કરીને પુનઃપ્રાણપ્રતિષ્ઠા આચાર્યશ્રી કૌશલેન્દ્ર પ્રસાદજી મહારાજના વરદ હસ્તે શાસ્ત્રોક્ત વિધિ અનુસાર કરવામાં આવી અને મંદિર દરેક સત્સંગી હરિભક્તો માટે ખુલ્લુ મૂકવામાં આવ્યું. અહીં યાત્રિક અતિથિભવન તથા ભોજનાલય પણ બાંધવામાં આવ્યા છે. વર્તમાન કળિયુગમાં ભગવાન પુરુષોત્તમ નારાયણ પ્રત્યક્ષ પોતાની મૂર્તિરૂપ સ્વરૂપમાં અખંડ બિરાજેલા છે. જેના અનુસંધાનમાં પવિત્ર અષાઢ માસની પુર્ણિમા (ગુરુપુર્ણિમા)ના પવિત્ર દિવસે પ્રભાતમાં પોતાના પાવન ચરણાવિંદના પ્રત્યક્ષ દર્શન દરેક ભક્તોને કરાવીને અમુલ્ય ભેટ આપેલ છે જેનો હાલ તબક્કે લાખો શ્રદ્ધાળુ હરિભક્તો લાભ લઈ રહ્યા છે.